サーバーにセキュリティ上排除するべきFlash Playerなど、インストールするなというMicrosoftの強い意志を感じる・・・。

Windows Server 2012 R2までは「ユーザーインターフェイスとインフラストラクチャ」の「デスクトップ エクスペリエンス」を機能追加することで、IE組み込みのFlash Playerが有効化されましたが、Windows Server 2016では有効化されません。というかそもそもユーザーインターフェイスとインフラストラクチャの項目がなくなってます。

たぶんNikonユーザーには常識なんだろうけども・・・。

これまで使っていたD5100からD5500に切り替え、写真を撮った後にPCで開こうとしたところ、

フォトアプリがNEFファイルを開けず、「このファイルを開けません。」とエラーが表示されました。

D5100のNEFファイルは開けるので、D5100以降のどこかで互換性が変わったんでしょうか。
NEFファイルの仕様を知らないのでわかってないのですが。